Cuentan que, en los cartularios de San Millán de la Cogolla (La Rioja), está escrito que en el año 968 en la parroquia de Santa Lucía de Gerrikaitz (Bizkaia) los feligreses, durante la la celebración de la festividad de la Virgen de la Asunción, un águila coronada cruzó el cielo y se posó en el cementerio para recoger un cráneo del osario del camposanto. El águila retomó el vuelo con la calavera en sus patas surcando los cielos hacia la ladera noroeste del monte Oiz, donde dejó caer el cráneo sobre una fría pradera repleta arbustos de sauco. Los devotos campesinos interpretaron el suceso como un prodigio vinculado a la festividad de la de la Virgen Asunción y decidieron construir una ermita dedicada a la Virgen de Ziortza, pues en aquella «pradera fría» de pastizal era «abundante en sauco», el toponímico en Euskera del lugar indicado por el águila coronada. Así es como en el siglo X «arranca» el origen de la Colegiata de Zenarruza y Ziortza —por fría y por sauco: dos lineas de la evolución de los términos euskerikos— que, al ser paso obligado del Camino de Santiago del Norte o de la Costa, fue adquiriendo un grado de crecimiento y notoriedad, sobre todo, a partir de 1379 que fue elevada a la categoría de colegiata, la cual sin ser catedral está regida por un deán, abad o prior.
La Colegiata de Zenarruza obtuvo su máximo esplendor entre los siglos XVI al XIX, siendo a partir de este último cuando comienza su declive hasta terminar, prácticamente, en ruinas debido al olvido de la Santa Sede y a diferentes incendios; aunque por fortuna la Diputación Foral de Bizkaia decide su restauración en 1980. Una reducida congregación de los monjes cistercienses del Monasterio de Santa María La Real de La Oliva de Carcastillo (Navarra) se hace cargo de la Colegiata de Zenarruza.
El Camino del Norte o de la Costa atraviesa el patio del monasterio entrando, precisamente, bajo el escudo de la puerta oeste donde se recoge la imagen del águila coronada con la calavera en sus garras, que da paso al claustro renacentista de dos pisos; el único existente en Bizkaia, y la iglesia de estilo gótico tardío con su retablo dedicado a la Virgen de Ziortza y, además, su órgano barroco (en funcionamiento) también uno de los más antiguos de España.
Zenarruza cuenta con un albergue de peregrinos y peregrinas de tradición jacobea, es decir de acogida «caritativa», para una veintena de personas, agua caliente y cena comunitaria (la misma que los monjes) y desayuno. Toda esta admisión es gratuita y los monjes solamente solicitan el donativo de la voluntad, que considere cada caminante. Es posible también alojarse en la hospedería de la Colegiata que dispone de 14 habitaciones.
La comunidad de monjes cistercienses invitan a los peregrinos y peregrinas a participar en las liturgias de las oraciones del día, como las Vísperas, y en la «bendición del peregrino» para aquellos que la solicitan.