Cuentan que en el Camino Aragonés, que desciende por el Pirineo, desde Somport hacia Jaca y enlaza con el Camino Francés en Gares Puente La Reina, acontecieron desde los primeros tiempos de la cristiandad una serie de historias de traslados del Santo Grial, desde Jerusalén a Roma, Huesca, Yebra, Siresa, Balboa, San Adrián de Sasabe, la Seo de Jaca, San Juan de La Peña, Barcelona y, finalmente, la Catedral de Valencia, donde en la actualidad se encuentra. Todo un trajín desde el siglo II para que el Cáliz, con el que Jesús estableció la Eucaristía en la Última Cena y recogió su sangre en la Cruz, no cayese en manos de los enemigos de la Iglesia y la reliquia más sagrada de la cristiandad no fuera profanada. Seguramente, esta leyenda del Santo Grial aragonés se fundamenta a través de los peregrinos que caminaban a Santiago por los múltiples itinerarios de los Pirineos y que la Orden de Cluny unifica, mediante el mito griálico, el paso por San Juan de la Peña.
La Orden de Cluny, considerada como una de las más activas del Camino de Santiago, no se establece en San Juan de la Peña hasta el siglo XI cuando estos monjes pinatenses adoptan la regla de San Benito y, posteriormente, la reforma de Cluny; es el momento clave para establecer el orden en los Caminos a Santiago, en concreto, del Camino Aragonés, y la acogida a los penitentes en San Juan de la Peña. Los peregrinos y peregrinas pasaban por la Seo de Jaca, donde adoraban al Santo Grial, mientras que San Juan de la Peña quedaba un poco al margen del camino, —igual que hoy en día— ya que era necesario desviarse «un pelín» de la ruta. Por eso los monjes deciden celebrar un gran acontecimiento litúrgico y trasladar el Cáliz sagrado a San Juan de la Peña, el cual quedaría cuidado por los frailes a partir de ese momento, desoyendo las reclamaciones y amenazas de los jacetanos. El Santo Grial nunca fue devuelto a la Seo de Jaca.
Lo cierto es que la leyenda de San Juan de la Peña no comienza en estos convulsos años de finales de 1071 sino que su origen se remonta muchos años atrás cuando un joven de la nobleza aragonesa, llamado Voto, galopaba por las montañas prepirenaicas, en el momento en que su caballo se desboca y trota hacia un precipicio. El muchacho, viendo la muerte cerca, suplica su salvación a San Juan Bautista, el cual frena el corcel y salva al jinete. La escena ha finalizado frente a una cueva. El caballero desciende de su montura y penetra en ella. En la penumbra descubre el cuerpo incorrupto de un hombre, fallecido abrazado a una cruz, el cual era Juan de Atarés, un santo anacoreta del que se hablaba en este territorio aragonés. Así, el joven caballero, recordando su plegaria a San Juan Bautista, decide imitar la santa vida del ermitaño y, con la compañía de su hermano Félix, se establecen en aquella gruta rendidos a la soledad, la oración y la contemplación de Dios.
A su fallecimiento en loor de santidad, otros muchos tomaron el relevo y San Juan de la Peña se convirtió en un lugar de culto cristiano.